Oltre a fungere da interfaccia tra gli uffici federali e il capodipartimento, la Segreteria generale svolge compiti di pianificazione, coordinamento e controllo, amministra le risorse e fornisce servizi di consulenza all'intero Dipartimento.

Il suo settore giuridico è incaricato, tra l'altro, di vigilare sull'operato delle fondazioni di utilità pubblica. Alla Segreteria generale sono aggregati la segreteria della Commissione federale contro il razzismo, il Servizio per la lotta al razzismo e l'Ufficio federale per le pari opportunità delle persone con disabilità.

Segretario generale: Lukas Bruhin