Hauptaufgabe der Kontrollstelle ist die Zulassung und Chargenprüfung von Impfstoffen und Immunseren. Dazu gehört die Prüfung auf Qualität, Sicherheit und Wirksamkeit aufgrund der gesetzlichen Bestimmungen und unter Beachtung der Anforderungen des Arzneibuchs.
Der Bereich Impfstoffkontrolle steht auch für alle weiteren Aufgaben und Problemstellungen zur Verfügung, die sich im Zusammenhang mit Fragen der Immunprophylaxe ergeben. Er unterhält eine Datenbank der in der Schweiz zugelassenen immunologischen Arzneimittel für die Veterinärmedizin. Auf Gesuch ist es möglich, nicht zugelassene immunologische Arzneimittel anzuwenden. Anträge für eine Einzeleinfuhr sind dem IVI einzureichen
