Le secteur de contrôle des vaccins est responsable du contrôle des médicaments immunologiques vétérinaire. Les tâches principales consistent à expertiser, analyser et contrôler les vaccins et les immunosérums. Il s'occupe également du contrôle de qualité, de sécurité et d'efficacité conformément aux dispositions légales et en respectant les exigences de la pharmacopée.
Le secteur contrôle des vaccins est également à disposition pour toute tâche ou problème vétérinaire touchant au domaine de l'immunoprophylaxie. Il gère une banque de données des médicaments vétérinaires immunologiques autorisés en Suisse.