Nell'AFS vengono archiviati principalmente documenti scritti, visivi e sonori che hanno un legame con i compiti e le attività del Parlamento, del Consiglio federale e dell'Amministrazione federale. I fondi sono completati con archivi privati di persone che hanno svolto un ruolo importante per la Svizzera o che hanno segnato la storia dello Stato federale. Tra queste rientrano per esempio membri del Consiglio federale, del Parlamento e del Tribunale federale, alti esponenti dell'Amministrazione federale o dell'esercito o personalità di spicco del mondo scientifico, economico o culturale.
L'AFS gestisce anche gli archivi dei partiti politici, delle associazioni di categoria, degli istituti di assistenza sociale, delle associazioni degli svizzeri all'estero e delle esposizioni nazionali.