La responsabilità principale del settore Vaccinovigilanza, che è l'autorità di controllo dei medicamenti immunologici, è l'omologazione e l'esame delle partite di vaccini e immunosieri. Tra i suoi compiti figurano il controllo della qualità, della sicurezza e dell'efficacia dei medicamenti immunologici sulla base delle pertinenti disposizioni di legge e nel rispetto dei requisiti della farmacopea.
Il settore Vaccinovigilanza si occupa inoltre di tutte le attività e le questioni in relazione all'immunoprofilassi. Gestisce una banca dati dei medicamenti immunologici omologati in Svizzera per la medicina veterinaria. Su richiesta può autorizzare anche l'impiego di prodotti non omologati; la domanda per un'importazione singola va presentata all'IVI.
Del settore Vaccinovigilanza fanno parte i servizi che si occupano dell'allevamento e della cura degli animali. Questi servizi assicurano il coordinamento con le sperimentazioni animali e garantiscono l'assistenza agli esemplari impiegati.
