Das Generalsekretariat ist die Stabsstelle des Departements. Es nimmt Planungs-, Koordinations- und Kontrollaufgaben wahr und ist Schaltstelle zwischen dem Departementsvorsteher und den Bundesämtern. Es koordiniert Ressourcen und erbringt für das gesamte Departement Beratungsleistungen. Ebenfalls dem Sekretariat angegliedert sind das Sekretariat der Eidgenössischen Kommission gegen Rassismus, die Fachstelle für Rassismusbekämpfung und das Büro für die Gleichstellung von Menschen mit Behinderungen sowie die Eidgenössische Stiftungsaufsicht.
Generalsekretär: Stefan Hostettler
